Técnicamente ninguna. Ambos certificados tienen la misma validez y se pueden utilizar para cualquier trámite telemático que requiera la identificación de su titular.
Las entidades de certificación distintas de la FNMT (Fábrica Nacional de Moneda y Timbre), están homologados por el Ministerio de Asuntos Económicos como Prestadores de Servicios Electrónicos de Confianza Cualificados, para la expedición de certificados electrónicos cualificados conformes con el Real Decreto-ley 19/2018, de 23 de noviembre, de servicios de pago y otras medidas urgentes en materia financiera.